لا ينتهي دور الجمارك عند حماية الدولة من تهريب الممنوعات وكل ما يضر المجتمع من خلال تواجد رجالها على المنافذ، بل يتعدى دورهم الى التعامل مع هذه الممنوعات بحيث تضمن التخلص منها نهائيا، وتأتي مهمة لجنة الاتلاف الجمركية فى متابعة وتنفيذ عمليات الاتلاف التي تقوم بها بالتعاون مع الجهات المختلفة داخل الدولة مثل الداخلية والصحة والبيئة حتى تضمن إعدام هذه المواد المضرة بالطرق السليمة. قبل اجراء عملية الاتلاف تقوم اللجنة المختصة بتجميع المواد المضبوطة المرجو اتلافها في المخزن من خلال شاحنات تأتي دوريا من المنافذ حتى يمتلئ اكثر من نصفه. بعد ذلك تبدأ عملية الفرز لتصنيف المضبوطات ومن ثم الاتلاف، وتأتى اهمية الفرز في انه قد تحتوي المواد المضبوطة على اشياء أمنية او مواد ملوثة للبيئة او مواد سحر وشعوذة وغيرها من انواع الضبطيات، وفى حالة المواد الامنية مثل الاسلحة والذخائر تتم مخاطبة الداخلية لتسلمها، والادوية والحبوب تحول الى الجهات الطبية المختصة ويتم التعامل معها، وأنواع التبغ والتتن والسويكة تقوم بإتلافها وزارة البيئة، وكذلك المصاحف المحرفة والناقصة ومواد السحر والشعوذة يتم التعامل معها من خلال لجنة خاصة بوزارة الاوقاف والشؤون الاسلامية، اما الخمور والمشروبات الكحولية والمجلات الجنسية نقوم بإتلافها بالطرق التقليدية. وتتم عملية الاتلاف كل 6 اشهر تقريبا، وتقوم اللجنة خلال هذه المدة بتجميع المضبوطات من المنافذ وتخزينها الى ان ترى اللجنة البدء في عملية الاتلاف. وبالنسبة لعملية اتلاف الخمور فتتم من خلال فرن للإتلاف خاص بالمضبوطات من الخمور والمواد المقلدة والمطبوعات الجنسية والمخلة بالآداب، اما المواد كبيرة الحجم فيقوم البلدوزر بعملية طحن لهذه المنتجات وتتم هذه العملية في مسيعيد، لان حرق البضائع كبيرة الحجم كالأجهزة الالكترونية المنزلية مثل الثلاجات او المواد البلاستيكية او الاثاث القديم وغيرها قد يولد حريقا كبيرا يصعب السيطرة عليه ولهذا نستخدم طريقة الطحن من خلال معدات ثقيلة تطحن هذه البضائع ومن ثم توضع في حفر عميقة تحت الارض ويتم مساواتها بالأرض. وتأتي الجمارك الجوية اكثر المنافذ التي ترسل ارساليات للإتلاف بعدها جمارك ابو سمرة ومن ثم الجمارك البحرية، وتقريبا في كل عملية اتلاف نقوم بالتعامل مع كمية كبيرة من البضائع والتي تتراوح ما بين حمولة من 10 الى 15 شاحنة. ومن المهم ذكره ان البضائع المخزنة ليست كلها مواد ممنوعة بل ان بعضها تكون مخزنة بسبب عدم قدرة اصحابها على دفع الرسوم الجمركية وبعد انقضاء المهلة التي تسمح بها الجمارك لوضع هذه البضائع في المخازن والتي تبلغ 3 اشهر، تقوم اللجنة بفرزها واستخراج ما يكون صالحا للإستخدام ويتم تحويله الى المزاد العلني لبيعها. وبالنسبة لأنواع المزادات فإنها تنقسم الى نوعين، الاول هو مزاد مشروط هو الذى يبيع البضائع غير المسموح دخولها في قطر لكن توجد دول اخرى تسمح بها، وفى هذه الحالة يتم بيعها شرط ان يتم تصديرها خارج قطر، اما النوع الثاني هو المزاد غير المشروط وهو خاص بالبضائع المسموح بدخولها الى الدولة. الجدير بالذكر ان لجنة الاتلاف الجمركية تتكون من 5 اشخاص، رئيس اللجنة وممثل من كل منفذ من المنافذ الثلاثة البرية والبحرية والجوية، واثناء عملية الاتلاف من الضروري ان يكون رئيس اللجنة متواجدا وممثل المنفذ الذى يتم اعدام البضاعة الخاصة بمنفذه ويقومان بالتوقيع على محضر الاتلاف والتواجد اثناء عملية الاتلاف التي تتم في مركز الجمارك بالمنطقة الصناعية.