على الرغم من الوظائف والمزايا العديدة، التي يوفرها نظام تشغيل جوجل أندرويد، إلا أنه ينطوي على عيب، يتمثل في عدم توافر ميزة سحب الحقوق من التطبيقات. فإذا رغب المستخدم في تنزيل أحد التطبيقات، فإما أن يقبل بشكل كامل جميع الحقوق، التي يطلبها التطبيق، أو يتخلى عن تنزيل التطبيق على الإطلاق. وقالت مجلة (c't) الألمانية إنه يمكن للمستخدم التحرر من هذه القيود عن طريق تثبيت أحد أنظمة التشغيل البديلة لنظام أندرويد (Custom-ROM) على الهاتف الذكي أو الحاسب اللوحي المزود بنظام جوجل. وبالإضافة إلى ذلك، تعمل أنظمة التشغيل البديلة لأندرويد على حل أي مشكلة بسبب عدم توافر تحديثات أندرويد للهاتف الذكي الخاص بالمستخدم. كما يمكن الحد من قدرة تطبيقات جوجل، التي يتعذر إزالتها في نظام أندرويد العادي، في جمع بيانات المستخدم. أنظمة Custom-ROM وإذا قام المستخدم بالبحث عن أنظمة التشغيل البديلة لأندرويد على شبكة الإنترنت، فإنه سيعثر على مجموعة متنوعة من أنظمة Custom-ROM المجانية، التي يمكن تثبيتها على مختلف الأجهزة الجوالة، ومنها على سبيل المثال MIUI أو Paranoid Android أو AOKP. نظام "سيانوجين مود" ولكن الخبراء ينصحون باستعمال نظام تشغيل بديل واحد فقط، حتى بالنسبة للمبتدئين، ألا وهو نظام تشغيل "سيانوغين مود" (CyanogenMod) المتوافق والمستقر للغاية، ويتوافر هذا النظام لسلسلة كاملة من أجهزة أندرويد. وعندما يرغب المستخدم في معرفة ما إذا كان موديل هاتفه الذكي موجود ضمن الأجهزة، التي يدعمها نظام التشغيل البديل "سيانوجين مود" (CM)، فإنه يتعين عليه البحث بدقة؛ نظراً لأنه يحب أن يتطابق اسم نوع الموديل تماماً. ويستفيد المستخدمون الجدد من نظام "سيانوجين مود" المناسب للاستخدامات اليومية من المنتدى النشط والفعال والمستندات الواسعة في موسوعة ويكي الخاصة به، بالإضافة إلى الكثير من الإرشادات والتعليمات على شبكة الإنترنت. بالإضافة إلى توافق تصميم واجهة المستخدم مع التصميم المعتاد لشركة جوجل، إلا أنه يمكن تخصيصها بدرجة كبيرة لتتواءم مع رغبات واحتياجات المستخدم. وعلى الرغم من أن عملية تثبيت نظام "سيانوجين مود" تتم حالياً بمنتهى السهولة وبشكل تلقائي بواسطة تطبيق تثبيت على الهاتف الذكي وبرنامج تثبيت على الحاسوب المكتبي، الذي يتم توصيله بالهاتف الذكي عن طريق كابل، إلا أن الأمر لا يخلو من بعض المخاطر؛ حيث يؤدي تثبيت نظام التشغيل البديل إلى إلغاء حقوق الضمان. ولذلك فإنه يُفضل إجراء عملية التغيير على الأجهزة القديمة، التي لم يعد يتوافر لها أية تحديثات. ويقوم نظام "سيانوجين مود" بجمع إحصائيات المستخدم مع إخفاء الهوية، وهو ما يتيح إمكانية تعطيله بدون مشاكل. ويتمكن المستخدم مع نظام "سيانوجين مود" حظر وصول التطبيقات إلى جهات الاتصال وبيانات الموقع والرسائل، علاوة على أنه يمكن سحب هذه الحقوق في وقت لاحق أو أنه يمكن منحها حسب الطلب. ويوفر النظام البديل لأندرويد إمكانيات التخصيص، مثلاً عند برمجة أزرار الهاردوير أو عند إضاءة الدايودات الخاصة بالرسائل الإخبارية. بالإضافة إلى أن نظام "سيانوجين مود" يزخر ببعض التطبيقات العملية، مثل إدارة الملفات أو الكشاف أو مدير DSP لإعدادات الصوت الخاصة بمختلف الأجهزة مثل سماعة الرأس أو السماعة أو تقنية البلوتوث، كما يمكن للمستخدم الوصول إلى Root، أي تتاح له جميع حقوق مدير النظام بجهاز أندرويد، والتي يمكن تشغيلها وإيقافها بخطوات بسيطة.