قوبل تقرير لجنة التحقيق في فض اعتصام الخرطوم برفض واسع بين أحزاب المعارضة السودانية، كما أعلنت قوى إعلان الحرية والتغيير بالسودان ، عن رفضها القاطع لتقرير النيابة العامة حول فض اعتصام الخرطوم. وكشفت أسباب رفضها القاطع لتقرير النيابة العامة حول فض اعتصام الخرطوم، معتبرة أنه مطعون في نزاهته، وكان هدفه إخفاء الحقائق ودفنها تحت الركام وقالت القوى في بيان لها إن التقرير مطعون في نزاهته، ويهدف إلى إخفاء الحقائق ودفنها تحت الركام، مجددة رفضها نتائج لجنة التحقيق التي كونتها النيابة العامة بالكامل، إلى جانب رفضها من قبل إجراءات تكوينها شكلا ومضمونا. وشددت القوى على أهمية أن تكون لجنة التحقيق مستقلة، ليس في فض اعتصام القيادة العامة والمجزرة المصاحبة له فحسب، بل في كل الحوادث والجرائم منذ عزل المجلس العسكري الرئيس عمر البشير في 11 نيسان/ أبريل 2019 وحتى اليوم. المجلس العسكري متهم وليس حكم ولفتت إلى أن أسباب رفضها نتائج التحقيق، يتمثل في أن لجنة التحقيق كونت بتكليف من المجلس العسكري، وهذا يطعن في نزاهتها، لأن المجلس نفسه متهم في هذه القضية، معتبرة أن العسكري خصم في قضية الاعتصام. واستدركت القوى بقولها إنه لا يمكن أن يكون الخصم هو الحكم، مضيفة أن المجلس العسكري متهم أيضا بحكم مسؤوليته عن أمن وسلامة المواطنين، ولأن تصريحات بعض عضويته الموثقة كان فيها إقرار باتخاذ القرار بفض الاعتصام. وتابعت طرحها لأسباب رفض نتائج التحقيق، قائلة إن اللجنة لم تشمل فرقا متخصصة أخرى، كانت يمكن أن تسهم في الوصول لنتائج أكثر جدية، مبينة أن قضايا الاغتصاب يجب أن يشارك في التحقيق فيها مختصون نفسيون واجتماعيون. وقالت قوى الحرية والتغيير إنها ترفض تقرير اللجنة لأن التحقيقات لم تبين بوضوح الجهات المتهمة، بل وجهت الاتهام بحروف غامضة لأشخاص غامضين، مؤكدة أنه كان يجب على اللجنة نشر الأسماء كاملة ومسؤولية الجهات المختصة بالحجز والتحفظ عليهم. وفنّدت القوى إحصائية القتلى والجرحى التي تحدثت عنها نتائج التحقيق، مشيرة إلى أن لجنة التحقيق لم تشر إلى المفقودين، ولم تجرِ أي تحقيق في هذا الجانب. وطالبت بتشكيل لجنة تحقيق وطنية مستقلة، لإجراء تحقيق شفاف ودقيق بدعم أفريقي، وفقا لما ورد بالوثيقة الدستورية، التي يجري التفاوض عليها مع المجلس العسكري.