قالت منظمتا "العفو" و"هيومن رايتس ووتش" الدوليتان، في بيان مشترك لهما، إن "الرئيس المصري الجديد، عبدالفتاح السيسي، يواجه أزمة في حقوق الإنسان هي "الأسوأ" في تاريخ مصر الحديث". وأضافت المنظمتان: إنه "في الفترة التي تلت الإطاحة بالرئيس محمد مرسي في 3 يوليو 2013، دأبت قوات الأمن المصرية على استخدام القوة المفرطة في مناسبات عديدة، ما أدى إلى أسوأ وقائع قتل جماعي غير مشروع في تاريخ مصر الحديث". وقالت حسيبة حاج صحراوي، نائبة مدير برنامج الشرق الأوسط وشمال أفريقيا بمنظمة العفو الدولية: "بدلا من أن تهتم السلطات المصرية بالحاجة الملحة للإصلاح، فإنها انهمكت طوال العام الماضي في أعمال قمع بمستويات غير مسبوقة في تاريخ مصر الحديث". وتابعت صحراوي: "بالإضافة إلى العنف والاعتقالات الجماعية، فرضت السلطات قيودا على حريات تشكيل الجمعيات والتعبير عن الرأي والتجمع بشكل قوّض المكاسب التي تحققت عقب ثورة 25 يناير 2011". إلغاء قانون التظاهر دعت صحراوي الرئيس الجديد، إلى "إخلاء سبيل كل الذين احتُجزوا حصرا على ذمة ممارسة الحقوق المتعلقة بحرية التعبير عن الرأي وتشكيل الجمعيات والتجمع السلمي، وأن يعمل على تعديل أو إلغاء "قانون التظاهر" الذي يفرض قيودا شديدة، والإيعاز لقوات الأمن بوقف استخدام الأسلحة النارية بحق المتظاهرين، ما لم يكن ذلك من باب الضرورة القصوى لحماية عناصر الأمن من خطر محدق ينذر بمقتلهم أو تعرضهم لإصابات خطيرة"، بحد قولها. كما دعت نائبة مدير برنامج الشرق الأوسط وشمال أفريقيا بمنظمة العفو الدولية، إدارة الرئيس السيسي إلى "إجراء تحقيقات تتمتع بالمصداقية فيما يتعلق بقيام الشرطة والجيش بقتل نحو 1400 متظاهر بشكل غير مشروع "خلال فض اعتصام مؤيدي الرئيس المعزول محمد مرسي في ميدان رابعة العدوية في أغسطس الماضي". محاسبة المسؤولين المتورطين وحثت المنظمتان في بيانهما السيسي على "الشروع في إجراءات تحقيق شاملة ومستقلة ومحايدة مع جميع مسؤولي الأمن المشتبه بمسؤوليتهم عن تعذيب المحتجزين وإساءة معاملتهم، وإعداد سجل عام يحوي أسماء جميع المحتجزين منذ يوليو الماضي، مع توضيح أماكن احتجازهم والتهم المسندة إليهم، والحرص على إتاحة الفرص لجماعة الإخوان المسلمين وغيرها من المنظمات المحظورة بالطعن في أحكام إغلاق مقارها وتصنيفها كجماعة إرهابية". رفض مصري وفي المقابل، ترفض السلطات المصرية هذه الاتهامات، وتقول إنها تراعي حقوق الإنسان، سواء في التعامل مع المعارضين في الشارع أو داخل السجون. وقال محمد فائق رئيس المجلس القومي لحقوق الإنسان، في تصريحات سابقة له، إن الحكومة تعمل على تحسين وتطوير حقوق الإنسان في البلاد، وهو ما ظهر جليا في بنود حقوق الإنسان بالدستور المصري الجديد. فيما قال أيمن حلمي، رئيس قطاع الإعلام بوزارة الداخلية، في تصريح سابق لوكالة الأناضول عبر الهاتف، إنه "لا يوجد أي انتهاكات بحق السجناء، خاصة من المنتمين لجماعة الإخوان المسلمين".